Při ochraně senátorky Padmé Amidaly se do ní její ochránce, mladý učedník na rytíře Jedi Anakin Skywalker, zamiluje. Zároveň ale zjistí, že jeho duše skrývá i temnou stranu. Obi-Wan Kenobi odhalí tajnou armádu klonů a v galaxii vypukne válka.
Deset let po invazi na Naboo se galaxie ocitá na pokraji občanské války. Pod vedením jediského odpadlíka, hraběte Dooku, se tisíce slunečních soustav pokouší odtrhnout od Galaktické republiky. Na bývalou královnu planety Naboo a nyní senátorku Padmé Amidalu je spáchán atentát, který se však nezdaří. Následně je jí jako osobní strážce přiřazen mladý učedník na rytíře Jedi, Anakin Skywalker. Během své mise se Anakin do Padmé zamiluje a zjistí, že jeho duše skrývá i temnou stranu. Zanedlouho jsou Anakin, Padmé a Obi-Wan Kenobi vtaženi do srdce separatistického hnutí a stanou se svědky počátku Klonových válek.