Legion er baseret på Marvel-tegneserierne og følger historien om David Haller - en urolig, ung mand, der er mere end bare menneske.
Legion fokuserer på David Haller, en urolig, ung mand, der blev diagnosticeret med skizofreni som barn. Han flyttes fra den ene psykiatriske afdeling til den næste, indtil han i sine tidlige 30'ere, møder og forelsker sig i en smuk og ustyrlig medpatient ved navn Syd. Efter at have mødt hende, bliver han tvunget til at indse, at de stemmer han hører, og de syn han får, faktisk kan være ægte. Med hjælp fra Syd og et hold specialister, der også besidder unikke og ekstraordinære evner, finder David frem til en dyb og undertrykt sandhed: Han har hele sit liv været angrebet af en ondsindet parasit med ufattelige kræfter.