Da Takemichi rejser 12 år tilbage i tiden, til da han gik i folkeskolen (hans livs bedste år), skriver han historien om ved at tage andre valg for at redde sin elskede i fremtiden.
Takemichi er allerede i en mørk periode, da han får den frygtelige nyhed, at hans livs kærlighed fra folkeskolen, er blevet myrdet af den kriminelle Tokyo Manji bande. Da Takemichi næste dag venter på et tog, bliver han skubbet bagfra ned på et indkommende togs skinner. Forberedt på at skulle dø, vågner han i stedet op og opdager, at han er rejst 12 år tibage i tiden og igen befinder sig i skolen. Nu har Takemichi mulighed for at skrive historien om ved at tage andre valg, i håbet om at forhindre sin kærestes død.
Sekvenser med blinkende lys kan give anfald hos lysfølsomme personer.