Phineas y Ferb finalmente descubren que Perry, su amado ornitorrinco, es un verdadero agente secreto que lucha contra las fuerzas del mal todos los días. Lo acompañan a una gran aventura que los envía a otra dimensión donde un malvado Dr. Doofenshmirtz se ha aliado con "Platyborg" para gobernar. Ahora el grupo deberá enfrentar al malvado doctor y lograr volver a casa.