Cuando el pacífico líder mutante Charles Xavier se enfrenta a su contraparte, Magneto, se perfila la guerra que terminará todas las guerras en esta explosiva aventura de X-Men.
Para matar a Xavier y liberar a los mutantes malignos, Magneto usa a la resucitada Jean Grey, ahora Phoenix, la mutante más poderosa, contra los X-Men. Mientras, Logan recluta miembros del equipo original de Xavier y confronta una nueva relación con Storm, y Rogue e Iceman se presentan solos como el futuro de los X-Men.