Kun hänen salaperäinen työnantajansa hylkää hänet ja hän joutuu keskelle epäilyttävää poliittista salamurhaa, salavihkainen palkkamurhaaja rakastuu venäläisprostituoituun, joka mutkistaa hänen elämäänsä, ennen kuin hän eliminoi heidän vihollisensa.
Tämä elokuva perustuu suosittuun, palkintoja voittaneeseen videopelisarjaan geneettisesti muokatusta eliittisalamurhaajasta, joka tunnetaan vain nimellä Agentti 47. Jo hänen olemassaolonsa on synti, mutta hän käy hiljaista sotaa poistaakseen pahuuden maailmasta. Hän on nerokas, karismaattinen ja hurmaava, mutta ei paljasta itsestään paljoa. Hänellä ei ole nimeä, ja hänet tunnetaan vain hänen niskaansa tatuoidun viivakoodin kahdesta viimeisestä numerosta. Hänen tavaramerkkejään ovat tappava ylväys, epäröimätön tarkkuus ja päättäväinen ylpeys, mitä hänen työhönsä tulee. Mutta edes 47 ei olisi voinut odottaa hänen tarkan elämänsä "satunnaista yhtälöä": venäläisen naisen hänessä herättämiä yllättäviä omatuntoon liittyviä ajatuksia ja outoja tunteita.