On kulunut 200 vuotta siitä, kun Ripley (Sigourney Weaver) teki äärimmäisen uhrauksen. Nyt tutkijat ovat kloonanneet hänet sekä hänen sisällään olevan Alien-kuningattaren – tavoitteenaan kasvattaa voittamaton ase.
Kaksisataa vuotta Ripleyn viimeisen seikkailun jälkeen armeijan tutkijat kloonaavat hänet, poistavat hänen rintakehästään Alien-kuningattaren ja käyttävät hyväkseen sitä, että sekä Ripley että Alien ovat geneettisiä hybridejä. Ripley lyöttäytyy yhteen salakuljettajajoukon kanssa, joihin lukeutuu kehittynyt naisandroidi. Heidän avullaan hän taistelee riehuvia Alieneita vastaan Maata kohti kiitävällä labra-aluksella.