Legion perustuu Marvel Comicsin sarjakuvaan ja seuraa tarinaa David Hallerista, levottomasta nuoresta miehestä, joka saattaa olla enemmän kuin ihminen.
Legionin keskiössä on David Haller, levoton nuori mies, jolla diagnosoitiin lapsena skitsofrenia. Häntä vietiin psykiatrisesta laitoksesta toiseen. Täytettyään 30 vuotta David rakastui kauniiseen ja levottomaan potilaaseen nimeltä Syd. Kohdattuaan Sydin hätkähdyttävästi Davidin on pakko hyväksyä se järkyttävä mahdollisuus, että hänen kuulemansa äänet ja näkemänsä näyt saattavatkin olla aitoja. Sydin ja eksperttitiimin avulla, joilla heilläkin on uniikkeja ja erikoisia lahoja, David saa selville totaalisesti tukahdetutetun totuuden: häntä on kummitellut hänen koko elämänsä ajan ilkeä loinen, jolla on uskomattomat voimat.