Quand le chef mutant pacifiste Charles Xavier se bat contre son alter-ego militant Magnéto, les lignes de front sont celles de l'ultime bataille.
Après avoir tué Xavier et libéré les mauvais mutants, Magnéto utilise Jean Grey ressuscitée et devenue Phénix, le plus puissant des mutants, contre les X-Men. Pendant que Logan recrute des membres de l'équipe originelle de Xavier et entame une relation avec Tornade, Malicia et Iceberg s'imposent comme l'avenir des X-Men.