200 ans ont passé depuis que Ripley (Sigourney Weaver) s'est sacrifiée. Les scientifiques ont créé son clone en ajoutant l'ADN de la reine Alien dans l'espoir d'en faire une arme indestructible.
200 ans après la dernière aventure, des scientifiques militaires créent un clone de Ripley. Ayant extrait la reine Alien de sa poitrine, ils exploitent le fait que Ripley et l'Alien sont désormais hybrides. Pendant ce temps, Ripley s'associe à un groupe de pirates de l'espace, dont une androïde supérieure, pour lutter contre des Aliens déchaînés dans le labo d'un vaisseau qui se dirige droit sur la Terre.