Deux cents ans se sont écoulés depuis la mort du Lieutenant Ellen Ripley. Une équipe de généticiens entreprend de ressusciter la jeune femme en croisant son ADN avec celui d'un Alien. Les manipulations donnent naissance à des dizaines d'Aliens qui envahissent la station Auriga.
200 ans après s'être sacrifiée pour éviter que le gouvernement n'utilise l'Alien qui était en elle comme d'une arme, Ripley se réveille, clonée d'après son ADN dont on a extrait les gènes aliens pour recréer une reine. Mais les gènes aliens n'ont vraisemblablement pas tous disparu du corps de Ripley qui devra se servir de ses "talents" pour affronter la nouvelle créature qu'a engendré la reine.