L'agent Phil Coulson et son équipe du SHIELD recherchent un homme ordinaire doté de pouvoirs extraordinaires aux conséquences potentiellement destructrices.
Juste après la bataille de New York, l'existence des super-héros et des extraterrestres est désormais connue du grand public, et le monde s'efforce de faire face à cette réalité. L'agent Phil Coulson est de retour, et il surveille un groupuscule mystérieux, Rising Tide. Pour traquer cet ennemi invisible, il réunit autour de lui une équipe resserrée et triée sur le volet composée d'agents de l'organisation internationale SHIELD (Stratégie Habileté Intervention Exécution et Logistique Défensive). Leur première mission consiste à retrouver la trace d'un homme ordinaire doté de pouvoirs extraordinaires aux conséquences potentiellement destructrices.