200 év telt el azóta, hogy Ripley (Sigourney Weaver) feláldozta magát. A tudósoknak most sikerül őt – és a benne fejlődő idegen királynőt – klónozniuk abban a reményben, hogy egy szuperfegyvert hoznak létre.
200 évvel a legutóbbi kalandját követően Ripley-t egy katonai tudóscsapat klónozza. Kivágják az idegen királynőt a testéből, és megpróbálnak hasznot húzni abból, hogy Ripley és az idegen is genetikai hibrid. Eközben Ripley egy csapat csempésszel, köztük egy fejlett női androiddal összefogva egy Föld felé száguldó laborhajón küzd az elszabadult, halált hozó idegenekkel…