Zissou e la sua squadra partono in spedizione per dare la caccia al misterioso, elusivo e forse inesistente "squalo-giaguaro" che ha ucciso il collega di Zissou durante le riprese della loro ultima avventura.
L'oceanografo di fama internazionale Steve Zissou (Bill Murray) e la sua squadra partono in spedizione per dare la caccia al misterioso, elusivo e forse inesistente "squalo-giaguaro" che ha ucciso il collega di Zissou durante le riprese della loro ultima avventura. A loro si uniscono un giovane copilota che potrebbe essere il figlio di Zissou (Owen Wilson), una bella giornalista (Cate Blanchett), che deve scrivere un pezzo su Zissou, e la sua ex moglie e coproduttrice, Eleanor (Anjelica Huston). Il gruppo dovrà affrontare diverse complicazioni, tra cui pirati, rapimenti e bancarotta.