Quando il pacifico capo dei mutanti Charles Xavier si scontra con la sua controparte militante, Magneto, gli schieramenti lottano in quest'avventura esplosiva per mettere fine a tutte le guerre.
Dopo aver ucciso Xavier e liberato i mutanti malvagi, Magneto usa la risorta Jean Grey - ora conosciuta come Phoenix, la mutante più potente di tutti - contro gli X-Men. Mentre Logan recluta tutti i membri dell'originale squadra di Xavier e affronta una relazione con Tempesta, Rogue e l'Uomo Ghiaccio prendono la propria strada come futuro degli X-Men.