A duecento anni dalla morte di Ripley, gli scienziati sono finalmente riusciti a clonare una sua copia perfetta che include la regina aliena, che stava crescendo dentro di lei. E poiché il clone di Ripley è perfetto, gli scienziati decidono di tenerla in vita per analizzarla. Ma la nuova razza di alieni nata dalla regina di Ripley è molto più terribile e intelligente dei suoi predecessori…
Duecento anni dopo la sua ultima avventura, Ripley viene clonata da scienziati militari che estraggono una regina aliena dal suo torace e sfruttano il fatto che sia Ripley che l'aliena sono ibride dal punto di vista genetico. Nel frattempo Ripley fa squadra con un gruppo di trafficanti, tra cui un avanzato androide, per combattere i furiosi Alien nel laboratorio di un'astronave che sta sfrecciando verso la Terra....