ニューオーリンズ地方検事ジム・ギャリソンは、独断で1963年にテキサス州ダラスで起きたジョン・F・ケネディ大統領暗殺事件の捜査に乗り出す。真相を追う中、彼は事件には国民の知らない裏があると疑いを抱くのだった。
1963年にテキサス州ダラスで発生したジョン・F・ケネディ大統領暗殺事件。映画「JFK」は、独断でその調査に乗り出したニューオーリンズ地方検事、ジム・ギャリソンの物語を詳細に追う。ギャリソンは暗殺事件に関するFBIの公式発表に疑いを抱く。事件についての情報を踏まえ、調査を積み重ねていくうち、事件の真相には国民に知らされている以上の何かが隠されていると考え始めるのだった。