イギリスの諜報員ペギー・カーターが、新たに創設された組織「S.H.I.E.L.D.」に加わる。そして、謎の組織「ゾディアック」を探る一方、女性差別的で官僚主義的な上司とも戦うことになる。
「キャプテン・アメリカ ザ・ファースト・アベンジャー」の後、イギリスの工作員ペギー・カーターは、戦略科学予備軍(SSR)でデータ分析と暗号解読に従事していた。そして謎の「ゾディアック」を探るのだが、同時に、女性嫌いで官僚主義的な上司ジョン・フリンとも格闘せねばならなかった。彼は女がスパイの仕事に関わるべきではないと考えているのだ。