学校を卒業したジョニーは、連邦軍の機動歩兵に志願する。それは、宇宙戦艦のパイロットになろうと艦隊アカデミーに入学した恋人カルメンの心をつかむためだ。しかしジョニーは、訓練中に悲劇的な事故を起こす。
新しい世紀を迎えた人類は、恐るべき敵と対峙することになる。それは、体高30フィートで空を飛ぶこともできる、地球上のあらゆる生物を破滅させる能力を持つ知的な昆虫型エイリアンだ。勇敢な若き戦士ジョニーがエイリアンの本拠地である惑星に侵攻し、全人類を巻き込んだ銀河間戦争が始まろうとしている。