後に対立関係となるプロフェッサーXとマグニートーはかつて心を通わせた同志であり、他のミュータントたちと協力して世界の危機を止めるべく戦っていた。
プロフェッサーXことチャールズ・エグゼビアと、マグニートーことエリック・レーンシャーは、かつては心を通わせた同志だった。しかし、他のミュータントたちと協力して世界最大の危機を食い止めようとしていたふたりの間に、いつしか溝が生まれる…。マグニートー率いるブラザーフッドと、プロフェッサーX率いるX-MENの果てしない争いが始まる!