ガーナー博士の異変を察したメイは彼を問いただしていた。すると、パニックを起こした博士はメイを拉致し、大学の旧校舎に立てこもり…。その頃、マックは極秘にリンカーンからラッシュの情報を聞き、彼を連れて本部に戻ってきた。大統領に会うために移動中だったコールソンは、リンカーンの情報を知ると、急きょニューヨークへ引き返すことに決める。一方、フィッツはモノリスの向こう側の惑星に通じる“扉”を開く方法に気づく。