インディアナ・ジョーンズ、ウィリー・スコット、ショート・ラウンドは墜落する飛行機から脱出する羽目になり、ある辺境の村にたどり着く。村は謎の石を盗まれ、不運に見舞われていた。インディたちは石を取り戻す冒険に出るが、想像を絶する邪悪な勢力が待ち受けていた。
大人気シリーズの2作目である本作でも、ハリソン・フォードが引き続きインディアナ・ジョーンズを演じる。ナイトクラブでの取引が決裂したインディは、歌手のウィリー・スコットと12歳のショート・ラウンドを連れて上海から飛行機で脱出する。しかし、災難は続き、彼らの乗った飛行機が墜落する。墜落中の飛行機から脱出する羽目になったインディたちは、ある辺境の村にたどり着く。村は謎の石を盗まれ、不運に見舞われていた。インディは盗まれた石を取り戻す冒険に出るが、想像を絶する邪悪な勢力が待ち受けていた。