ベックのIDディスクが奪われ、記憶が永遠に消えてしまう前に取り戻さねばならない。
ベックのIDディスクが奪われ、彼の記憶が消え始める。彼の記憶が永遠に消えてしまい、自分が何者か分からなくなるなる前に、彼とトロンは犯罪に満ちたアルゴン・パークに潜入し、ディスクを取り戻さねばならない。ラックスという謎めいたプログラムがトロンとベックを、複雑で恐ろしい犯罪ギャングがいる世界パーゴスへと導く。トロンとベックは支配者たちの手中に落ち、ベックの化身「反逆者」の本性が露呈する前に、ディスクを見つけなければならない。