女の子のブーはモンスターの世界に迷い込んでしまうが、モンスターのほうが、子供を怖がっていた。サリーとマイクはこっそりブーを人間界に戻そうとするが…。
愛すべきサリー(ジョン・グッドマン)と彼の賢い相棒マイク・ワゾウスキ(ビリー・クリスタル)は、モンスター・シティで悲鳴を集めるモンスターズ株式会社の最恐チーム。ある日突然、人間の女の子ブーがモンスターの世界に迷い込んできてしまう。だが子供たちを驚かせていたはずのモンスターのほうが、子供たちを怖がっていた。サリーとマイクはこっそりブーを人間界に戻そうとするが…。