驚異のスーパーパワーをもつボルトまでが、ある嫉妬深い人物に捕らえられてしまった。こうなったらボルトを救えるのはライノしかいない?
ドクター・キャリコの侵入不可能な城塞の奥深くで、ボルトとペニーは自分たちを待ち受ける恐ろしい運命を前にやきもきしている。2人を救えるのは1匹の遺伝子操作されたハムスターだけ…。それでもチケット完売の自分のコンサートに間に合うように何とかステージに上がる。