2009年。SDF-1マクロスの進宙式の日。地球に落下した戦艦を修復した戦艦の出航直前、巨大異星人ゼントラーディが地球への攻撃を開始してきた。進宙式を見にきていた民間人パイロットの一条輝は否応なく戦場に駆り出される。戦闘の最中、輝は軍の管制オペレーター早瀬未沙や、中華料理店の娘、リン・ミンメイと出会う。
2009年。「SDF-1マクロス」と命名された宇宙戦艦が進宙式を迎えた。1999年突如、地球に巨大な宇宙戦艦が落下してきた。戦艦は地球統合軍のものとして修復された。そして進宙式当日、人類の意に反して主砲を発射してしまった。直後、地球外の巨大異星人ゼントラーディがその圧倒的な戦力をもって地球への攻撃を開始してきた。進宙式を見にきていた民間人パイロットの一条輝は偶然、可変戦闘機バルキリーに乗り、否応なく戦場に駆り出される。戦闘の最中、輝は軍の管制オペレーター早瀬未沙や、中華料理店の娘、リン・ミンメイと出会う。圧倒的な戦闘力をほこるゼントラーディ軍からの攻撃を逃れるためマクロスは宇宙空間へフォールドを決行する。マクロスの長く苦しい地球への帰還の旅が開始された。
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