지도 제작자이자 언어학자인 마일로 싸치는 할아버지로부터 들은 이야기를 실마리로 삼아 아틀란티스 제국을 찾기 위해 탐험대를 구성하여 떠난다.
지도 제작자이자 언어학자인 마일로 싸치는 협회에서 아틀란티스가 존재한다고 주장하지만 번번히 무시를 당한다. 할아버지로부터 '목동의 일지' 가 아틀란티스 제국을 찾을 수 있는 단서라고 전해 들은 마일로 싸치에게 한 억만장자가 찾아와 '목동의 일지' 를 보여주고 자신의 탐험대를 아틀란티스로 인도해달라고 부탁한다. 마일로 싸치 팀은 바다 속 괴물로부터 공격을 받는 등 어려움 끝에 아틀란티스에 도착하게 되고 실제로 아틀란티스 제국에 사람들이 살고 있다는 사실을 알게 된다. 아틀란티스는 크리스탈의 신비로운 힘에 의해 존재하게 되는데 마일로 싸치와 동행한 탐험대 팀은 이 크리스탈을 노리게 되고, 마일로 싸치는 아틀란티스를 멸망으로부터 구원하기 위한 싸움을 시작한다.