한 무역선이 의문의 바다 괴물에게 공격을 당하고, 마일로는 아틀란티스 제국의 심장 크리스탈이 이 사건과 관련이 있을 것이라는 추측을 하게 된다.
전 편에서 마일로와 탐험대는 문명의 제국 아틀란티스 제국을 찾아낸다. 한 무역선이 의문의 바다 괴물에게 공격을 당하고 이것이 아틀란티스를 지키는 레비아탄의 소행일 것이라고 예상한 탐험대는 마일로를 찾아간다. 함께 모인 마일로와 탐험대는 아틀란티스의 심장인 크리스탈의 부활로 다른 아틀란티스의 병기가 살아났을 것이라는 추측을 하게 되고 지상으로 나가지만 바다 괴물의 공격을 당한다. 이들은 가까스로 살아나지만 파도에 밀려 한 섬에 도착하게 되고 정체 불명의 한 노인으로부터 즉시 떠날 것을 명령 받는다.