서기 2059년. 초장거리 이민선단 '마크로스 프론티어'에 최고의 가수 '셰릴 놈'이 승선한다. 콘서트 당일, 셰릴을 동경하는 소녀 '란카 리'는 파일럿 후보생 '사오토메 알토'를 만나게 된다. 셰릴의 콘서트가 시작된 직후, 갑자기 미지의 우주 생물 바즈라가 프론티어 함대를 습격해 온다.
서기 2059년. 새로운 땅을 찾아 은하를 여행하는 초장거리 이민선단 '마크로스 프론티어'. 그곳에는 거주선을 중심으로 1,000만 명 이상이 살고 있다. 그런 '프론티어' 선단에 '은하의 요정'이라 불리는 최고의 가수 '셰릴 놈'이 콘서트를 위해 찾아온다. 그런 셰릴을 동경하는 소녀 '란카 리'는 지극히 평범한 여고생이다. 란카는 소원하던 셰릴의 콘서트장으로 달려가던 중 파일럿 양성 과정을 밟고 있는 고등학생 '사오토메 알토'를 만난다. 프론티어 선단은 미지의 우주 생물 바즈라에게 급습당하고, 바즈라의 존재를 둘러싼 여러 목적과 계획이 얽히고설키며 프론티어 선단은 가혹한 운명의 장난에 휩싸이고 만다.
일부 섬광 장면이 빛에 민감한 시청자에게 영향을 줄 수 있음.