200 jaar na haar dood wordt Ellen Ripley (Weaver) gekloond om DNA van de Alien Queen uit haar te halen. Het bedrijf dat dit financiert, wil namelijk de Aliens als wapens gaan gebruiken. Helaas blijken de Aliens slimmer dan ze dachten en binnen de kortste keren moet Ripley er met behulp van een aantal ruimtepiraten voor zorgen dat de Aliens niet op aarde terechtkomen.
Tweehonderd jaar na haar laatste avontuur wordt Ripley gekloond door militaire wetenschappers die een Alien Queen uit haar borst halen en misbruik maken van het feit dat Ripley en de alien genetische hybriden zijn. Ondertussen voegt Ripley zich bij een groep smokkelaars, waaronder een geavanceerde, vrouwelijke androïde, om te strijden tegen de losgeslagen Aliens in een labschip dat richting aarde raast.