Nadat ze onverwacht zwanger is geraakt van een vriend, beslist een 16-jarig meisje uit een kleine stad in Minnesota haar baby te schenken aan het 'perfecte' paar, dat ze heeft gevonden via advertenties in de krant. Maar dan ontdekt ze dat de aanstaande adoptie het paar naar een echtscheiding stuwt en dat ze verliefd wordt op de biologische vader van het kind.
Juno MacGuff (Elliot Page) is een coole, zelfverzekerde tiener die via een omweg van negen maanden richting volwassenheid gaat. Ze raakt onverwacht zwanger en gaat op zoek naar de perfecte ouders voor haar baby. Met de hulp van haar lieve, bescheiden vriendje (Michael Cera), haar begripvolle vader (J.K. Simmons) en no-nonsense stiefmoeder (Allison Janney) kiest Juno voor een welgesteld echtpaar (Jennifer Garner en Jason Bateman) dat graag hun eerste kind wil adopteren.