The Strain vertelt het verhaal van het CDC Canary Team, dat onderzoek doet naar een virusuitbraak in New York City waar vampiers bij betrokken lijken te zijn. Terwijl de virusstammen zich verspreiden, gaat het team de strijd aan om de mensheid te redden.
The Strain is een bloedstollende thrillerserie over dr. Ephraim Goodweather, de leider van het CDC Canary Team in New York City. Met zijn team wordt hij ingeschakeld om onderzoek te doen naar een virusuitbraak die lijkt voort te komen uit een oeroude en kwaadaardige virusstam van vampiers. Als het virus zich verspreidt, trekt Eph met zijn team ten strijde om de mensheid te redden.