Det har gått 200 år siden Ripley (Sigourney Weaver) ofret alt. Nå har forskere klonet henne og romvesendronningen inne i hennes kropp, med håp om å skape det ultimate våpenet.
200 år etter det siste eventyret hennes blir Ripley klonet av militære forskere som tar en romvesendronning ut av brystet hennes og utnytter at Ripley og romvesenet er genetiske hybrider. Samtidig slår Ripley seg sammen med en gruppe smuglere, inkludert en avansert kvinnelig androide, for å kjempe mot romvesener i et laboratorieskip som er på full fart mot jorden.