Kiedy w 1600 roku w Japonii Lord Yoshii Toranaga walczy o życie ze sprzymierzonymi przeciwko niemu wrogami z Rady Regentów, w pobliskiej wiosce rybackiej odnaleziony zostaje tajemniczy europejski okręt.
Serial FX „Szogun” jest oryginalną adaptacją powieści Jamesa Clavella rozgrywającą się w Japonii w 1600 roku, u progu kluczowej dla tego stulecia wojny domowej. Lord Yoshii Toranaga walczy o życie, gdy sprzymierzają się przeciwko niemu wrogowie z Rady Regentów. Kiedy w pobliskiej wiosce rybackiej odnaleziony zostaje tajemniczy europejski okręt, jego angielski pilot, John Blackthorne, ma do zaoferowania sekrety, które mogą pomóc Toranadze przechylić szalę zwycięstwa na swoją stronę i zniweczyć wpływy groźnych wrogów samego Blackthorne’a — jezuickich księży i portugalskich kupców. Historia Toranagi i Blackthorne’a splata się nierozerwalnie z losami ich tłumaczki, Tody Mariko, tajemniczej chrześcijańskiej arystokratki i ostatniej przedstawicielki podupadłego rodu. Służąc swojemu panu w czasach zawirowań politycznych, Mariko musi pogodzić obecność Blackthorne'a, oddanie wierze, która ją ocaliła, i powinności wobec jej zmarłego ojca.