Passaram 200 anos desde que Ripley (Sigourney Weaver) fez o derradeiro sacrifício. Agora, os cientistas clonaram-na— e à rainha extraterrestre dentro dela— na esperança de criar a arma suprema.
Duzentos anos após a sua última aventura, Ripley é clonada por cientistas militares, que extraem uma rainha extraterrestre do seu peito e exploram o facto de que tanto Ripley como o extraterrestre serem híbridos genéticos. Entretanto, Ripley junta-se a um grupo de contrabandistas, incluindo uma avançada androide, para combater os extraterrestres agressivos numa nave laboratório que segue na direção da Terra....