Fox Mulder e Dana Scully regressam na sequela do primeiro filme e da série Ficheiros Secretos.
Gillian Anderson e David Duchovny voltam a juntar-se para investigar mais um bizarro caso saído dos Ficheiros Secretos. Inesperadamente, no meio de um frio de rachar e de uma misteriosa e ilusória calma, a agente do FBI Monica Bannan é raptada. Mas este não é um rapto normal. E não só vai a busca por esta mulher desaparecida reacender a chama entre os colegas Scully (Anderson) e Mulder (Duchovny), como vai também desafiar os limites da ciência, do sobrenatural e do aterrorizador espaço entre estes!