為了搶奪地球，新的敵人以及謎之巨大怪物體從宇宙出現。 超進化研究所秘密開發的“新幹線戰士ALFA-X”是掌握著一切的關鍵！ 由於突然出現的敵人強大攻擊導致父親北斗失踪了，隼人變得坐立不安。此時，出現在他面前，竟是穿越時空而來的“9歲北斗”。隼人為了守護地球，少年北斗想返回自己原本的世界，兩人找上最新技術“新幹線戰士ALFA-X”的駕駛員，並集合北海道支部、山形支部、大宮支部、名古屋支部、京都支部、門司支部的“新幹線戰隊”對抗宇宙最強的敵人！ 新幹線戰隊能否維護日本的和平安全？ 隼人和父親北斗能否再會？ 少年北斗是否能平安回到原本的世界？