Marnie risikerer sin magi for at få flere teenagere fra Halloweentown ind på sin skole. Men snart er Marnie og vennerne i knibe, da en skurk dukker op. Nu må Marnie redde verden og sin magi.
Skolestart har aldrig været så sej eller overnaturlig for Marnie, hendes bedstemor Aggie og hendes heksefamilie. Da Marnie overtaler halloweenrådet til at sende teenagere i skole i den dødelige verden, lover hun at opgive sin magi, hvis der sker noget. Men en skurk dukker op og vil ødelægge al magi, så Marnie må redde sin skole, sin magi og verden.