New Orleansin piirisyyttäjä Jim Garrison ottaa tehtäväkseen tutkia presidentti John F. Kennedyn murhaa Dallasissa, Texasissa vuonna 1963. Se, mitä hän saa selville, saa hänet epäilemään, että tarinassa on muutakin kuin julkisuuden versio.
JFK kertoo New Orleansin piirisyyttäjä Jim Garrisonin toimista, kun hän ottaa tehtäväkseen tutkia presidentti John F. Kennedyn murhaa Dallasissa, Texasissa vuonna 1963. Garrison epäilee vahvasti FBI:n esittämää virallista versiota, ja se, mitä hän tietää ja sittemmin saa selville saa hänet epäilemään, että tarinassa on muutakin kuin se, mitä julkisuudessa kerrotaan.