Poikajoukko on loukussa valtavassa ja alati muuttuvassa labyrintissä, eivätkä he muista ulkona odottavasta maailmasta mitään. Heidän pitää ratkaista ympäröivien seinien kärkevä arvoitus päästäkseen pois, ennen kuin on liian myöhäistä.
Menestyskirjaan perustuvassa selviytymistarinassa Thomas (Dylan O'Brien) ja muut pojat heräävät valtavasta ja alati muuttuvasta labyrintistä muistamatta ulkomaailmasta mitään. Labyrintin jokaisen nurkan takana piilee vaarallisia haasteita. Thomas kumppaneineen taistelee aikaa vastaan ja selvittää todellista tarkoitustaan päästäkseen ulos, ennen kuin on liian myöhäistä.