Når Toontowns eier blir drept, peker alt mot Roger Rabbit. Med dommer Doom etter seg trygler han Eddie Valiant om å finne skurken, men så innser de at selve Toontown står på spill.
Eddie Valiant hyres for å finne bevis på at Marvin Acme flørter med Jessica Rabbit, kona til Roger Rabbit. Men når Acme blir drept, peker alt mot Roger, og dommer Doom vil stille ham for retten. Roger trygler Valiant om å finne skurken, og historien tilspisser seg når Eddie avdekker flere skandaler og innser at Toontown står på spill.
Enkelte sekvenser eller mønster med blinkede lys kan påvirke lysfølsomme seere.