Quando um general vingativo toma controle da ilha de Alcatraz e ameaça a lançar mísseis de gás venenoso, um perito em armas químicas e um prisioneiro federal se unem para detê-lo e evitar resultados catastróficos.
Primeiro, o general Francis Xavier Hummel (Ed Harris) assume controle da ilha de Alcatraz. Depois, para piorar as coisas, passa a ameaçar São Francisco com mísseis de gás venenoso. Cabe então ao agente Stanley Goodspeed (Nicolas Cage) entrar na ex-prisão e desarmar os mísseis. Para isso, ele irá contar com a ajuda de John Patrick (Sean Connery), o único homem que já escapou de Alcatraz com vida.