Ensimmäisellä tutkimusretkellään Milo Thatch ja muu seurue paikansivat Atlantiksen ja pelastivat salaperäisen kuningaskunnan. Nyt Milon, Kidan ja heidän miehistönsä täytyy jättää kuuluisa merenalainen kaupunki, kun pinnan yläpuolella ilmenee ongelmia. Pölyisiltä aavikoilta vuorten jäisille huipuille kulkeva seikkailu tuo eteen valtavia merihirviöitä, upeita henkiä ja voimakkaita legendoja.
Ensimmäisellä tutkimusretkellään Atlantiksessa Milo Thatch ja muu seurue paikansivat kuuluisan merenalaisen kaupungin ja pelastivat arvoituksellisen kuningaskunnan ja sen kansan. Nyt Milon, Kidan ja heidän miehistönsä täytyy lähteä, kun merenpinnan yläpuolella ilmenee ongelmia ja he havaitsevat hämmentävien voimien vaikuttavan. Tiimin uusin etsintäretki vie heidät Yhdysvaltojen lounaisosien pölyisiltä aavikoilta pohjoismaisten vuorten jäisille huipuille ja tuo eteen valtavia merihirviöitä, upeita henkiä ja voimakkaita legendoja. Kida saa kesken matkan selville kaupunkinsa lumottujen kristallien vaikuttavan voiman, ja hänen täytyy päättää, onko viisaampaa piilottaa Atlantiksen sydän vai jakaa sen valo muun maailman kanssa.