Sam Witwicky deixa os Autobots para trás. Porém, quando a sua mente é invadida por símbolos enigmáticos, os Decepticons o atacam, e ele se envolve novamente com a guerra dos Transformers.
Em busca de uma vida mais normal, Sam Witwicky abandona os Autobots para ir para a faculdade. Porém, quando a mente de Sam está cheia de símbolos que podem levar Megatron a uma nova fonte de Energon, ele é puxado de volta para a guerra dos Transformers contra o antigo Decepticon, The Fallen.