Atunci când liderul mutant Charles Xavier, un adept al păcii, îl înfruntă pe omologul său militant, Magneto, în această aventură X-Men explozivă, se trasează liniile de atac pentru războiul care va pune capăt tuturor războaielor.
După ce îl ucide pe Xavier și îi eliberează pe mutanții malefici, Magneto îl folosește împotriva membrilor X-Men pe Jean Grey readus la viață, în prezent Phoenix, cel mai puternic mutant care a existat vreodată. În timp ce Logan recrutează membri din echipa originală a lui Xavier și trebuie să facă față unei noi relații cu Storm, Rogue și Iceman se fac remarcați ca reprezentanți ai viitorului X-Men.